氣體發(fā)生器在使用過程中基本上會遇到可靠性難以保證和安全性存在問題。其可靠性難以保證具體表現(xiàn)在有部分發(fā)生器的純度不夠，氮氣和氫氣中含水量高而且還帶有一定的腐蝕性，如果操作不當會有返液現(xiàn)象發(fā)生。有部分氣體發(fā)生器的壓縮機在使用的過程中會產(chǎn)生過熱、氣路進油、漏電等現(xiàn)象，不僅對色譜儀造成損害，嚴重時會危及操作人員的生命安全。

    氣體的純度大多沒有經(jīng)過檢測，雖然可以通過基線和柱子使用壽命判斷其純度，結果卻是給色譜柱造成不必要的損失。氮氣發(fā)生器能否很好地應用于氣相色譜分析實驗，與發(fā)生器的原理有很大關系。